Vor ziemlich genau 1000 Jahren taucht 1017 zum ersten Mal in einer Urkunde der Name des Haupthofes „Gemen“ auf, damals in der Bezeichnung „Gamini“. Nach neueren Forschungen meint das einen Ort mit mehreren kleinen, primitiven Häusern.

Burg und Freigrafschaft Gemen finden im 13. Jahrhundert erstmalig Erwähnung und damit auch der Edelherr Godfried von Gemen, dessen Familie zu den bedeutendsten adeligen Familien des Münsterlandes gehört Er ist weltlicher Vogt der Vredener Kirchengemeinde. Zu eben dieser Zeit gibt es schon Haupt- und Vorburg sowie die nebengelagerte Freiheit als eine burgnahe Häuseransammlung, aus der allmählich der spätere Ort entsteht.
Das 14. Jahrhundert bringt unter Ritter Heinrich III. Burg und Ort eine lange Blütezeit. Heinrichs Werk ist die Erweiterung der Burg Gemen zu einer mächtigen, wehrhaften Wasserburg. Auch im Laufe der folgenden Jahrhunderte bauen die Herren von Gemen ihren Machtbereich immer weiter aus.

Dort, wo heute das Schlosscafe´ steht, wurde 1373 eine kleine Kapelle errichtet, die den Heiligen Fabian u. Sebastian geweiht ist.
Einschneidende Veränderungen bringt die Reformation, in deren Folge die Religionszugehörigkeit der Gemener vom Katholizismus zum evangelischen Glauben und dann wieder zur katholischen Religion wechselt. Graf Jobst II. von Holstein Schaumburg war zum lutherischen Glauben übergetreten und mit ihm alle Gemener Familien bis auf eine.
In der 2. Hälfte des 16. Jahrhunderts leben kontinuierlich einige jüdische Familien im Ort. Juden müssen ein Vielfaches an Steuern entrichten, wenn sie beruflich tätig sein wollen. Deshalb sind die Herren von Gemen, deren finanzielle Situation nicht gerade blendend ist, nicht unfroh über die Anwesenheit dieser religiösen Gruppe, die wirtschaftlichen Profit verspricht.
Einer von ihnen ist Isaak von Gemen, der über außergewöhnliche Kenntnisse in der Anwendung von Heilkräutern verfügt und ganz offensichtlich auf Grund dieses pharmakologischen Wissens sehr erfolgreich in der Behandlung von Mensch und Tier gewesen sein muss. Wie die meisten Geldverleiher ist er wohl auch sehr erfahren in Finanzgeschäften. Durch zahlreiche Quellen sind sein Leben und seine Tätigkeit dokumentiert. Sicher ist, dass er 1605 einem hinterhältigen Mord zum Opfer fällt. Er ist damit wahrscheinlich der 1. Jude in Westfalen, der ermordet wird.
Als 1635 die lutherische Schaumburger Linie ausstirbt, erben die katholischen Grafen von Limburg Styrum die Herrschaft Gemen und die Einwohner wenden sich wieder dem Glauben ihres Burggrafen zu. Dieser holt zur Unterstützung der „Gegenreformation“ Franziskanermönche in den Ort. Weil die Missionsarbeit schnell Früchte trägt und die Schlosskapelle zu klein ist, baut man eine Marienkapelle, die dann später unter den Franziskanern als barocke Klosterkirche mit 3 Altären ausgebaut wird. Allerdings müssen für den Bau dieser Kirche finanzkräftige Spender gefunden werden, die man u. a. auch in Wien in Person der Kaiserin findet.

Ständige Spannungen zwischen dem Stift Münster und der Herrschaft Gemen bringen 1700 durch den Fürstbischof zu Münster erst nach mehr als hundert Jahren der Herrschaft die Reichsunmittelbarkeit, die sie gut 100 Jahre später 1806 aber wieder verliert, als sie in der französischen Zeit unter die Verwaltung des Hauses Salm-Kyrburg kommt. Einige Jahre später ist Westfalen preußische Provinz und auch Gemen untersteht der Herrschaft Preußens.
Inzwischen haben auch die evangelischen Christen eine neue Kirche im barocken Stil erbaut, die heutige Johanneskirche. Nach dreijähriger Entstehungszeit wird sie 1706 fertig gestellt. Der erste Gottesdienst findet am 30 Mai 1710 statt. Das Franziskanerkloster mit der Marienkirche in seiner heutigen Form wird 1756 vollendet. Die Marienkirche dient seit 1892 der Gemeinde als Pfarrkirche, nachdem sich die Kirchengemeinde Gemen von der Pfarre Borken gelöst hat und selbständige Kirchengemeinde ist. Nach dem 2. Weltkrieg wird die Zahl der Katholiken durch Zuzug ständig größer und die neu erbaute Gemeindekirche, die heutige Christus König Kirche kann nach längerer Bauzeit im September 1959 eingeweiht werden.
Heute ist die Klosteranlage in der Freiheit das einzige Franziskanerkloster, das in seiner ursprünglichen Substanz in Westfalen erhalten geblieben ist.
1822 erwirbt Johann Ignaz Reichsfreiherr von Landsberg-Velen und Gemen die Herrschaft Gemen. Er ist der Enkel von Clemens August von Landsberg, der 1756 die reiche Besitzerin und Erbtochter der Velener Güter, Anna Theresia von Velen, heiratet. Der Reichsfreiherr und Standesherr erhält 1840 das Grafendiplom vom Preußischen König Friedrich Wilhelm IV. (Vier Generationen hindurch tragen die Standesherren auf dem Gemener Schloss den Grafentitel).

Zwei Generationen später erbaut 1911/12 Graf Friedrich II von Landsberg- Velen und Gemen für sich und seine Familie die Grabkapelle der gräflich landsbergschen Famile auf dem Friedhof an der Neumühlenallee.
1922 wird zu Ehren der Gefallenen des Krieges 1914-18 im vorderen Friedhofsbereich ein Ehrenmal an der Neumühlenallee errichtet. Dort finden bis heute sowohl zum Bürgerschützenfest als auch am Volkstrauertag Gedenkveranstaltungen statt.
Die Jahre zwischen den großen Kriegen bringen für Gemen nicht nur positive Entwicklungen. Auch hier wirft die Schreckensherrschaft der Nationalsozialisten schon schnell ihre dunklen Schatten voraus. Nicht nur den jüdischen Mitbürgern, auch anderen Menschen drohen ernsthafte Gefahren, wenn sie sich dem Regime des dritten Reiches nicht anpassen. Der Progromnacht vom 9. November 1938 fällt die jüdische Synagoge- erst 1912 eingeweiht- zum Opfer. Jüdische Familien sind in ihrem Heimatort nicht mehr sicher. Viele fliehen.
Der 2. Weltkrieg bringt auch in Gemen Zerstörung und Tod. Weil am Ende des Krieges die vorhandenen Schutzräume nicht mehr ausreichen, suchen mehrere Familien aus der unmittelbaren Umgebung in der Landsbergschen Gruft Schutz vor der Bombardierung. Dass beim Zusammenbruch nicht mehr passiert ist, verdanken die Gemener der weithin sichtbaren Rotkreuzfahne auf dem Schloss.
Nach dem 2. Weltkrieg wird das Schloss Gemen, früher Sitz verschiedener Adelsgeschlechter, auf Initiative des „ Löwen von Münster“, Kardinal Clemens August Graf von Galen, gepachtet und als Jugendburg in den Dienst der bischöflichen Jugend- und Erwachsenenbildung gestellt. Der erste Burgkaplan ist 1946 Bernhard Wormland, der sich bemüht, eine enge Verbindung mit den Gemener Vereinen und Verbänden zu pflegen Innerhalb weniger Jahre kommen Jugendliche aus der ganzen Bundesrepublik zu den jährlichen Studententreffen aus ganz Europa zur Jugendburg. Der Name Gemen wird bekannt und die Besucherzahl auf der Burg steigt von Jahr zu Jahr.

Gemen-Stadt mit seinen Ortsteilen Gemenwirthe, Gemenkrückling und der Feldmark entwickelt sich weiter, wird durch Gewerbeansiedlungen, Wohnbauerweiterungen und Zuzüge ständig größer. In einer Ratssitzung im Frühjahr 1963 beantragen die Gemener Kommunalpolitiker, ein Wappen und ein Siegel führen zu dürfen, worauf der damalige NRW Innenminister anregt, sich dann auch die Stadtrechte zu sichern. Er selbst findet, dass Gemen als „Titularstadt“ berechtigt sei, die Bezeichnung Stadt Gemen zu führen. So wird Gemen ausgestattet mit Stadtsiegel und-wappen. 6 Jahre bleibt Gemen Stadt. Bei der allgemeinen Kommunalen Neugliederung im Jahr 1969 werden die vormals 8 selbständigen Gemeinden zur neuen Stadt Borken zusammengefasst. Gemen ist auch dabei. Für alle neun vormals selbständigen Stadteile werden Ortsvorsteher gewählt, um die Belange der neuen Stadtteile vor Ort zu vertreten.